Nezanedbatelný význam má také ochranná funkce mateřského mléka. Novorozenec je velmi náchylný k infekcím – nemá vyvinutý imunitní systém, prochází nesterilními porodními cestami, nemá střevní mikroflóru, která by účinně bránila patogenním bakteriím pronikat do organizmu atd.
Mateřské mléko obsahuje makrofágy – jedná se o efektorové buňky imunitního systému, které jsou schopny se navázat a pohlcovat bakterie, popř. další mikroorganizmy. Mimo makrofágy dítě mateřským mlékem přijímá i sekreční imunoglobulin IgA – jedná se o typ protilátky, která opět hraje významnou úlohu v obraně organizmu před infekcemi. Protilátky a makrofágy posilují imunitní systém dítěte, a chrání jej především před infekcemi zažívacího systému, horních cest dýchacích a infekcí středního ucha (u nekojených dětí jsou tyto infekce dá se říci běžné). Mateřské mléko obsahuje celou řadu dalších látek : laktoferin – jedná se o bílkovinu, která je schopná vychytávat železo. Železo je kritickým růstovým faktorem pro celou řadu bakterií, a právě přítomnost laktoferinu dostupnost železa pro bakterie kriticky omezuje. Lyzosym je látka, která je schopná přímo destruovat bakterie a je rovněž obsažena v mateřském mléce.
Psychosociální efekt kojení
Mimo výše zmíněné biologické výhody kojení existují i aspekty psychologické – jednak pro miminko, tak pro kojící ženu. Hovoříme o tzv. psychosociálním efektu kojení. Kojení posiluje mezi miminkem a jeho matkou silné biologické a emocionální pouto.
Miminko vnímá hlas, teplotu pokožky, vůni své maminky, reaguje a těší se na kojení – zná příjemnost pocitu nasycení atd.